O primeiro hospital brasileiro a receber, da Organização Nacional de Acreditação (ONA), o certificado de Acreditação em Excelência no ano de 2003, o HMC está entre os seis do país a possuir a certificação internacional Det Norske International Accreditation Standard (DIAS/NIAHO). Em 2007, a unidade recebeu o Prêmio Mineiro da Qualidade. O troféu é entregue a instituições cujas práticas de gestão alcançaram a excelência. Além da premiação, o Hospital Márcio Cunha também foi agraciado com a Faixa Ouro, que valoriza as melhores diretrizes gerenciais. Já em 2008, o hospital venceu a primeira edição do Prêmio Célio de Castro, conferido pela Secretaria de Estado de Saúde. O HMC obteve a melhor pontuação entre os 126 hospitais de Minas Gerais participantes do concurso. Em 2017, tornou-se o primeiro hospital do país com a Certificação Internacional da Healthcare Information and Management Systems Society (HIMSS) estágio 7 – utilizando software de Gestão Hospitalar Tasy, sendo também o único na categoria filantrópica de alta complexidade. Ainda em 2017, o Pronto-Socorro do HMC ganhou o prêmio Laboratório de Inovação, na categoria Inovação em Segurança do Paciente, criado pela Organização Pan-americana da Saúde (OPAS) em parceria com a Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS). Esse prêmio evidencia a excelência do Pronto-Socorro do HMC, que bateu metas e obteve sucesso pelo alto padrão de atendimento, dinamismo e qualidade dos serviços prestados.
Entre os inúmeros resultados positivos que a instituição conquistou estão os bons índices de aprovação em vestibulares e no Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) e a certificação internacional de seu Sistema de Gestão de Qualidade, segundo as Normas ISO 9001, em 1997.
A maior operadora na modalidade filantropia foi a primeira de Minas a ser certificada com a norma ISO 9001, em 2005. Com mais de duas décadas de história, a Usisaúde detém ainda a certificação Nível 1 da Resolução Normativa 277 da Agência Nacional de Saúde Suplementar.
Certificação ISO 9001 desde 1999.
Primeira instituição de assistência odontológica de Minas Gerais a ser contemplada com a certificação ISO 9001, em 2008.
Em 2018, a VITA Soluções em Saúde Ocupacional conquistou a certificação ISO 9001. A certificação faz parte do processo de integração entre as unidades da Fundação São Francisco Xavier, com a estruturação dos processos e a busca contínua por melhorias.
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